چند سال پس از پایان جنگ شینوبی ، بروتو پسر ناروتو تصمیم می گیرد در کنار ساراتا و میتسوکیِ مرموز در آزمون چونین شرکت کند. اما…

زمانی که هایوگا هانابی توسط بیگانه های اوتسوتسوکی تونری ربوده می شود ، ناروتو برای نجات وی دست به کار می شود. اما…

ناروتو و ساکورا در دنیایی موازی توسط مادارا اسیر می شوند که قصد دارد نه دم را از ناروتو بدزدد...

نبرد ناروتو برای اثبات بی گناهی خویش ، ناروتو برای جرمی که مرتکب نشده مجرم شناخته می‌شود و برای اصلاح به زندان فرستاده می‌شود و…

یک گروه مرموز از نینجاها به نام سو-نین که از کشور آسمان هستند به شهر کونوها حمله می‌کنند و…

نینجاها در سرتاسر تمام کشورها ناپدید میشوند و همه ملت آتش رو مقصر میدانند. به دستور سوناده، کاکاشی قربانی میشود تا جلوی جنگی همه جانبه گرفته شود....

ناروتو، شیکامارو و ساکورا این بار به مأموریتی فرستاده شده‌اند تا حیوان دست‌آموز گمشده‌ای را به دهکده‌اش بازگردانند اما با جنگجوی اسرارآمیزی مواجه می‌شوند که...

درحالیکه تمامی کودکان یک سرزمین، به بیماری ناشناخته‌ای مبتلا شده‌اند، سه مرد مرموز، به آنها وعده‌ی بهبودی می‌دهند. آنها با این روش، کودکان را دزدیده و شست و شوی مغزی می‌دهند اما فردی به نام «کلود» قصد دارد جلوی این کار را بگیرد.